税務調査について、「開業後３年間は調査に来ない」「３年周期で来る」などとよく言われています。ある意味では正解ですが、必ずしもそうとも言えません。
正解と言える理由は、税務調査である間違いが指摘されたとすると、それ以前の事業年度についても同様の誤りを犯しているケースがほとんどです。この場合、税務署より過去３年間に渡って申告の修正を求められ調査を終了することが一般的だからです。
つまり、税務署において調査処理の目安が「３年」であるためにこのように言われています。ただ開業後１年程度の実績でも、場合によっては、調査対象となることもあります。また逆に、申告内容等からそれほど誤りがあるとは思えないようなケースでは３年経っても調査がないこともあります。税務署の戦力から考えると後者の方が圧倒的に多くなります。

次に、１年のいつ頃調査に来るのか。
税務署の人事異動は７月初旬に行われており、７月から翌年６月までが１事務年度となっています。異動前後の事務引継ぎと夏休みが入るので、実質の調査期間は盆明けから始まり翌年６月末までとなります。また、確定申告の期間も原則として調査は行われません。つまり、今が調査シーズンなのです。
一般的な調査は、１件当たり２～３日で終了します。しかし、この日数は税務署が最初に納税者に接触する時間であり、調査の期間ではありません。調査開始から終了までは少なくとも１ヶ月はかかり、長くなると３ヶ月以上に及ぶケースもあります。
上記は、一般的な税務調査を取り上げましたが、診療収入の除外や仮名預金など悪質なケースでは、最高で７年間の修正申告となり調査期間も相当に長引くこともあります。