一昔前までの税務調査では、医業収益に関する収入除外や収益計上のタイミングについての指摘が代表的なものでした。しかし近年では、医療機関や会計事務所も医業収益の計上には十分な注意を払っているため、税務調査で是正を指摘されることが少なくなってきています。

その反動ということではないでしょうが、人件費や経費についてもしっかり調査が行われ、問題点が指摘されるようになってきています。　

〇人件費（職員給与・退職金・福利厚生費）について

調査で問題となりやすいポイント

①病医院での勤務実態のない先生の自宅のお手伝いさんなどへの支払いを病医院の職員などとしての経費にしていませんか。

②アルバイトの医師など臨時の職員に対しての支払いに源泉所得税を控除していますか。
また、非課税枠以上の高額な交通費、お車代などを支払っていませんか。

③親族の役員報酬や専従者給与は、業務内容に見合った給与額となっていますか。また、適切な時期に現実の金銭で支払い本人に渡されていますか。

④車、旅費、家賃補助、社宅、別荘などについて、法人と個人のやりとりは適正な金額となっていますか。

税務調査で人件費について指摘があった場合には、当該医師や職員が調査時にすでに退職済で在籍していないなどの理由により本人に求償できず、結局、医療機関が税負担することになることが少なくありません。特に注意が必要です。